Les nouvelles règles définissent un ensemble complet d'objectifs, de principes et de règles fondamentales pour le mode de production biologique et comprennent un nouveau régime permanent d'importation ainsi qu'un régime de contrôle plus cohérent. L'utilisation du logo biologique de l'Union européenne sera obligatoire, mais il pourra être accompagné de logos nationaux ou privés. Le lieu où les produits ont été cultivés doit être indiqué afin d'informer les consommateurs.
Les denrées alimentaires ne pourront porter un logo biologique que si au moins 95 pour cent des ingrédients sont biologiques. Cependant les produits non-biologiques ne seront autorisés à indiquer les ingrédients biologiques que sur la liste des ingrédients. L'utilisation d'organismes génétiquement modifiés restera interdite. Il sera désormais rendu explicite que la limite générale de 0,9 pour cent de présence accidentelle d'OGM autorisés s'appliquera également aux produits biologiques. Aucune modification ne sera apportée à la liste de substances autorisées pour l'agriculture biologique. Les nouvelles règles créent également une base pour ajouter des règles concernant l'aquaculture, le vin, les algues et les levures biologiques. Dans la deuxième phase de cette révision, et sur la base de ce nouveau règlement, les modalités strictes existantes seront transférées de l'ancien au nouveau règlement.